La vie de John Doe a débuté à Arkham Asylum. L'homme n'a aucun souvenir de son existence avant l'asile psychiatrique, de la personne qu'il a pu être ou de l'événement qui lui a donné cette apparence si singulière et aurait pu également créer son instabilité. Même le staff d'Arkham semble incapable de déterminer exactement depuis quand l'homme fait partie de leurs murs, lui ayant donné à défaut l'identité de "John Doe", ce Monsieur X. que nul ne ne connaît.
Sous la supervision du docteur Leland, John s'est acclimaté à son quotidien réglé comme une horloge à Arkham, se distrayant en observant le monde extérieur à travers l'écran de télévision de la salle de repos (et tout particulièrement les exploits de Batman, dans sa bataille contre, entre autres, Carmine Falcone, et les frasques de Bruce Wayne) ou en "taquinant" les autres patients. John avait son chic pour déceler leurs faiblesses et les utiliser contre eux pour les déstabiliser, et apporter un peu de piment à son existence routinière.
Cette routine fut un jour brisée par l'arrivée de Bruce Wayne à Arkham, interné après avoir publiquement roué de coups Oswald Cobblepot, qui lui avait succédé contre son gré à la tête de Wayne Enterprises. John prit immédiatement Bruce sous son aile, le protégeant d'une tentative de brutalisation de la part de deux autres patients. Disposant de son propre réseau d'informations, il décida d'en délivrer certaines à Bruce Wayne pour l'aider à s'évader et à retrouver de sa superbe, lui qui avait tout perdu.
Fasciné par la "noirceur" qu'il décelait chez Bruce, John se démena pour lui permettre de contacter Alfred par téléphone et pouvoir sortir plus tôt, en l'échange d'une "faveur" prochaine. John se retrouva de nouveau seul, mais il avait la certitude que Bruce et lui ne tarderaient guère à se revoir. Lorsqu'une émeute éclata à Arkham, dans le but de faire évader les patients, John prit la décision de rester à l'écart du chaos, en simple spectateur, et n'opposa aucune résistance lorsque les autorités furent enfin en mesure de les maîtriser.
Ce faisant, il fut déclaré sain par le Dr. Leland, qui lui offrit une chance de vivre dans le monde extérieur. Pour la première fois, d'après sa mémoire trouée, John s'aventura hors d'Arkham. Il était avant tout déterminé à retrouver Bruce, mais le destin le mena vers d'autres personnes, dont une certaine Harleen Quinzel.
Sa thérapeute à Arkham Asylum, elle avait été désillusionnée par le système pour de multiples raisons, et avait choisi le mauvais côté de la loi, entraînant John dans son sillage. En compagnie de criminels, Bane, Mr. Freeze et The Riddler, ils formèrent le "Pacte", un gang réuni dans le but de récupérer le Projet Lotus, un virus qui pourrait supposément les aider chacun avec leurs troubles physiques et/ou mentaux.
C'est dans cette optique que John alla retrouver Bruce Wayne, alors que ce dernier enterrait Lucius Fox, décédé dans une explosion à Wayne Enterprises (due à une bombe dissimulée par le Riddler). Il rappela à Bruce la faveur qu'il lui devait, l'informant sur le Pacte afin qu'il puisse leur apporter son soutien.
Bruce Wayne profita de l'occasion pour infiltrer le groupe, travaillant notamment pour le compte d'Amanda Waller, et John fut plus qu'heureux de l'intégrer au Pacte, faisant tout son possible pour faciliter son intégration, tandis que Bruce s'efforçait d'aider John à gagner le respect et l'amour de Harley. L'ex-thérapeute, que John aimait profondément, n'hésitait pas à le manipuler et l'abuser, ce que John se refusait à voir, espérant qu'elle s'adoucirait s'il parvenait à se montrer digne d'elle.
Au fur et à mesure de leur collaboration, l'affection que John éprouvait pour Bruce ne fit que grandir chaque jour passant, et d'autant plus lorsque John parvint à déduire que Bruce et Batman ne faisaient qu'un, une information qu'il garda secrète jusqu'au moment propice. Il collabora donc aussi bien avec Bruce qu'avec Batman, ravi de constater que l'ami qu'il appréciait tant et le justicier dont les exploits l'excitaient tant ne faisaient qu'un. Il avait Harley, Bruce, la vie ne pouvait donc être meilleure qu'elle l'était déjà... Jusqu'à ce que tout finisse par basculer.
Lorsque leur repaire fut investi par l'agence d'Amanda Waller, John parvint à se cacher, reportant par la suite à Harley qu'ils avaient volé le virus qu'ils avaient récupéré précédemment (le sang de Riddler, tué par un ennemi inconnu lors d'une bataille contre Batman). En réponse à cela, Harley le frappa, lui donnant un œil au beurre noir, avant de prendre la fuite.
Dévasté par le rejet d'Harley, John resta sur place, buvant jusqu'à la déraison, avant que Bruce et une agente de Waller, Iman Avesta, ne le surprennent ainsi. Bon gré, mal gré, il accepta de les aider à trouver Harley, mais insista pour entreprendre ses recherches seul, une demande que Bruce accepta. Il finit par la retrouver, et en informa Bruce Wayne. Lorsque le justicier se retrouva sur les lieux, ce fut pour voir John penché sur les cadavres de plusieurs agents, leur parlant comme s'ils étaient en mesure de l'entendre et de lui répondre.
Il insista qu'il s'était simplement défendu, craignant de perdre Bruce Wayne par ses actions, et se décida finalement à lui révéler qu'il connaissait son identité secrète. Il lui informa des actions prochaines d'Harley Quinn et demanda à Bruce de l'aider à l'appréhender. Il n'avait pas perdu l'amitié de l'homme, ni la foi qu'il lui portait, et cela l'aida à prendre sa décision finale, celle qui ferait tout basculer.
Inquiet malgré tout pour Harley, qu'il ne souhaitait pas voir mourir par l'intervention de l'Agence, John parvint à convaincre Bruce, qui fit plier Amanda Waller, de le laisser gérer Harley. Il pourrait l'arrêter et récupérer le virus, qu'elle avait réussi à voler à nouveau à Waller, il le
savait. Harley le sous-estimait : elle ne penserait pas une seule seconde qu'il puisse la manipuler, elle qui l'avait toujours utilisé et abusé.
Il prétendit être toujours le même bon vieux John Doe, faible, naïf, désireux plus que tout d'obtenir l'affection d'Harley. Et il parvint à la tromper et à récupérer le virus, confiant Harley aux soins de l'Agence. Lorsqu'il comprit toutefois que l'Agence voulait récupérer le projet Lotus pour l'utiliser, et non pour le détruire, John s'enfuit avec le virus, faisant détonner les bombes d'Harley pour brouiller son escapade, promettant que justice serait faite.
Ce jour-là naquit Joker, le justicier, inspiré par Batman et son combat. Et c'est après tout cela que John Doe apparut subitement dans une ville bien différente de Gotham, mais dont le potentiel chaotique était tout aussi brillant. S'il ne pouvait protéger Gotham et y faire régner la justice, il le ferait pour cette ville, à n'importe quel prix. Joker ne craignait pas la violence, qu'il s'agisse d'en faire usage ou d'en être victime. Pour le plus grand bien, le justicier œuvrait, poursuivant ce qu'il croyait être le chemin de Batman, de
son Bruce Wayne.
Et il continue à le faire à ce jour, ses actions se révélant plus chaotiques et dévastatrices que réellement salvatrices. Mais, qui sait ce que Joker est amené à devenir... Si le chemin qu'il empruntera se fera plus bénéfique, ou si le chaos et la vilenie s'empareront de lui, le séparant définitivement des objectifs de son précieux ami. De l'homme qu'il aime.