Anakin est un humain sensible à la Force et originaire de Tatooine. Il a vécu avec sa mère, mais en tant qu'esclaves. En effet durant sa jeunesse, sa mère Shmi Skywalker, a été enlevée par des pirates alors qu'elle voyageait en compagnie de ses parents. Elle a été ensuite vendue séparément et n'a plus jamais revu depuis ce jour ses parents. Elle a changé à de nombreuses reprises de maîtres, certains se montrant bons avec elle, d'autres plus sévères. Un jour, elle tomba mystérieusement enceinte alors qu'elle n'a connu aucun homme. Elle accoucha ensuite d'un petit garçon qu'elle nomma Anakin. Tandis que ce dernier n'était encore qu'un bébé, ils sont vendus à Gardulla la Hutt sur Tatooine. Anakin grandit et commença à développer des dons pour la mécanique. Quelques années plus tard, Gardulla les paria dans une course de module et perdit le pari. Watto, un toydorian ferrailleur devint leur nouveau maître et ils s'installent avec lui dans la ville de Mos Espa.

Les années passent, sans espoir pour que la mère et le fils puissent échapper à leur destin d'esclaves. Anakin devient de plus en plus doué pour la mécanique, mais démontre également des dons particuliers. Il est également le seul être humain de l’univers à posséder des dons pour le pilotage de module de course, réputé comme étant très dangereux. Shmi comprend alors que son fils est unique  et souhaite de tout son cœur qu'il connaissance une meilleure destinée que celle d'esclave.
Un jour, un maître Jedi arrive en ville accompagné d'une jeune fille. Anakin est frappé par la beauté de la jeune fille, nommé Padmé, et lui demande en toute innocence si elle est un ange. Leur vaisseau est en panne et ils ont besoin d’un nouvel hyperdrive T14. Anakin ne tarde pas à découvrir que l’homme est un Jedi du nom de Qui-Gon Jinn. Malheureusement, ce dernier ne possède que des crédits républicains et ne peut donc pas se procurer la pièce du vaisseau manquante. Anakin propose aussitôt son aide en affirmant qu’il peut piloter le module de course qu’il a construit en secret. Le Jedi n’a plus qu’à parier sur sa victoire à la prochaine course à la fête de la Boonta. Watto accepte le défi qui inclut de libérer Anakin s’il gagne la course. Qui-Gon remarque également à quel point la Force est avec l’enfant et pense alors qu’il est l’Élu d’une vieille prophétie Jedi. Anakin remporte ensuite la victoire et permet ainsi au Jedi de repartir vers sa destination, Coruscant.

Anakin est désormais libre et peut enfin réaliser ses rêves. Cependant, sa mère n’a pas pu être libérée et doit rester sur Tatooine. La séparation déchire le cœur de l’enfant, mais il finit tout de même par suivre Qui-Gon. À bord du vaisseau, il fait également la rencontre de son futur maître Jedi, Obi-Wan Kenobi. Plus tard lorsqu’ils arrivent sur Coruscant et qu’Anakin est présenté devant le Conseil des Jedi, il est refusé car on l’estime trop âgé pour commencer une formation de Jedi. Cependant, Qui-Gon insiste et contre l’avis du Conseil, le prend sous son aile, prêt à le former lui-même. Mais avant, Obi-Wan et lui doivent retourner sur Naboo pour mettre fin au blocus imposé par la Fédération du Commerce. Les deux Jedi se voient confronter à un apprenti Sith et malheureusement, Qui-Gon se fait tuer. Obi-Wan parvint à défaire leur adversaire et promet à son maître mourant de former Anakin malgré l’opposition du Conseil.

Anakin devient donc un Padawan Jedi. Sa formation, bien que tardive, est largement compensée par son immense talent. Cependant, Anakin pense souvent à sa mère et ressent de la peur. Pour devenir un Jedi, il doit apprendre à maitriser ses émotions et à les dominer, car la peur mène sur le chemin du côté obscur. Yoda et Mace Windu ressentent d’ailleurs beaucoup de peur en lui et un avenir incertain. Obi-Wan fait de son mieux pour le former. Il venait à peine d’être promu Chevalier Jedi, pour avoir vaincu un Sith, lorsqu’il a pris Anakin comme apprenti. Il demande donc souvent conseil à ses aînés et se focalise également sur les enseignements que Qui-Gon lui a appris. Pourtant, les débuts n’ont pas été simples entre maître et apprenti. Anakin avait du mal à l’accepter comme maître car il s’était attaché à Qui-Gon, le Jedi qui lui a offert la liberté et surtout qui croyait en lui, contrairement aux autres. Il ressent les doutes et les craintes d’Obi-Wan et par moment, il se sent rejeté. Plus d’une fois, le jeune garçon a songé à quitter l’Ordre Jedi et à retourner auprès sa mère sur Tatooine. Heureusement, les missions effectuées ensemble ont permis petit à petit de créer un lien fort entre eux. Anakin décide donc de leur laisser une chance et poursuit sa formation de Jedi. Obi-Wan devient pour lui un père qu’il n’a jamais eu, même s’il n’écoute pas toujours ses directives. En parallèle, il ne peut oublier Padmé qu’il a rencontré avec Qui-Gon. Il pense souvent à elle et espère donc la revoir un jour.

Les années passent et Anakin devient un jeune homme impatient, qui ne suit pas toujours à la lettre les ordres de son maître. Il est également devenu très proche du Chancelier Palpatine, qui est un réel ami et confident. Peu avant le début de la guerre des clones, le Conseil Jedi confie au jeune homme sa première mission sans son maître, celle de protéger la Sénatrice Amidala, ancienne reine de Naboo contre les diverses tentatives d’assassinat envers sa personne. Pour cela, elle rentre sur sa planète en compagnie d’Anakin et se cache avec lui. Les deux passent du temps ensemble et tombent amoureux. Cependant, Padmé finit par rejeter ses avances, consciente que leurs positions respectives les empêchent de vivre pleinement une histoire d’amour. Anakin est ensuite victime de rêves où il voit sa mère souffrir. Il décide donc d’aller lui porter secours sur Tatooine. Il apprend là-bas qu’elle a été affranchie et qu’elle a épousé un fermier du nom de Cliegg Lars. Malheureusement, Shmi a été enlevée par les hommes des sables et Anakin arrive trop tard pour la sauver. Elle meurt dans ses bras, heureuse d’avoir revu son fils une dernière fois. Cependant, Anakin se laisse aveugler par la colère et la douleur et massacre impitoyablement tous les Tuskens, y compris les femmes et les enfants. Après avoir enterré sa mère, il repart avec Padmé pour aller secourir Obi-Wan retenu prisonnier des Séparatistes sur Géonosis. La bataille fait alors rage entre les Jedi venus sauver Obi-Wan et Anakin, aidés dans un deuxième temps par la grande armée de la République constituée de soldats clones et les forces droïdes de la Confédération du Commerce. Durant la bataille, Anakin affronte avec Obi-wan le comte Dooku passé du côté obscur et à la tête du mouvement séparatiste. Se montrant une nouvelle fois impatient et impulsif, Anakin n’écoute pas Obi-Wan et perd alors son avant-bras face au Sith. Dooku réussit à s’enfuir et c’est ainsi que la brutale et meurtrière guerre des clones débute. Les Jedi, protecteurs de la liberté et de la paix à travers la galaxie se voient devenir des généraux à la tête des baillons clones envoyés sur les différents fronts de la guerre. Pendant ce temps, Anakin raccompagne Padmé sur Naboo et se marie en secret avec elle juste après la bataille de Géonosis.

Les évènements et les différentes batailles sur le front de la guerre des clones forgent Anakin. Il gagne en bravoure et en maturité. Durant les premières semaines, il se bat avec son maître et son bataillon. En tant que Padawan Jedi, il est promu commandant, ce qui le place également en tête des bataillons de clones. Environ 4 mois après le début de la guerre, Obi-Wan et lui sont envoyés sur Muunilinst pour reprendre la capitale aux Séparatistes. Obi-Wan se bat au côté du capitaine clone Fordo, Commando de Reconnaissance Avancée. Fordo n’a pas de général attitré, il accompagne différents Chevaliers Jedi à travers la Galaxie. Tandis qu’Obi-Wan mène l’assaut sur terre, Anakin est chargé de mener les forces de la république dans l’espace pour vaincre le blocus séparatiste. Il est alors opposé à l’apprentie de Dooku, la Jedi noire Asajj Ventress qui l’attire au loin sur la lune de Yavin IV, futur endroit où les rebelles poseraient leur base durant leur lutte contre l’Empire. Après un long duel, Anakin prend le dessus et terrasse Ventress en puisant dans la force dans sa colère, amenant petit à petit le jeune homme vers le côté obscur. Quelques mois plus tard en raison du manque de Chevaliers Jedi, le Conseil Jedi décide de promouvoir Anakin au rang de Chevalier Jedi bien qu’il n’ait pas passé les épreuves finales. On lui confie alors son propre bataillon de clones de la 501ème légion qui perdura des années plus tard sous le règne de l’Empire et devient à son tour un général. Il se lie d’amitié avec le commandant de son bataillon, le Capitaine Rex qui est à la tête de la « Torrent Compagny ». Un peu plus tard, il se voit attribuer sans prévenir une Padawan du nom d’Ashoka Tano. D’abord réticent, il finit par éprouver l’affection d’un grand frère pour elle et noue un fort lien avec elle. Il reste également proche de son ancien maître, Obi-Wan et se bat d’ailleurs régulièrement à ses côtés avec son bataillon. D’ailleurs, Rex et le Commandant Cody du bataillon d’Obi-Wan devinrent également de bons amis et établirent ensemble de nombreux code d’accès.
Lorsque Ahsoka est injustement accusée de l’attentat mortel dans le temple Jedi, Anakin est le seul à croire en son innocence et n’hésite pas à la défendre jusqu’au bout, allant démêler le vrai du faux. Même Obi-Wan perd confiance en elle. Malheureusement même après avoir été reconnue innocente et réhabilité comme Jedi, Ahsoka choisit de quitter l’Ordre, affectant énormément Anakin qui remet dès lors sa confiance envers le Conseil en question ainsi que sa loyauté envers l’Ordre Jedi, le menant lentement vers le côté obscur. Au moment où Ahsoka lui fait ses adieux, elle lui confie le besoin de s’éloigner de l’Ordre pour trouver sa propre voie. Anakin lui rétorque qu’elle ne sait pas à quel point lui aussi a souvent songé à quitter l’Ordre. Ahsoka le remercie pour sa confiance et de l’avoir soutenue, mais même après que son ancien maître clame qu’elle commet une grave erreur, elle choisit de partir, laissant derrière elle un Anakin amertume et triste.

Entre deux missions et dès qu’il a un moment de libre, Anakin s’arrange toujours pour retrouver Padmé en cachette. Leur mariage est d’ailleurs mis à rude épreuve à plusieurs reprises lorsqu’une connaissance de Padmé refait surface durant la guerre. Anakin se montre à plusieurs reprises possessif et jaloux, ce qui agace Padmé qui pense qu’il n’a pas confiance en elle. De plus, ils doivent constamment tenir leur relation secrète, car dans le cas contraire, Anakin serait aussitôt renvoyé de l’Ordre Jedi. Et tous les deux savent qu’en ces temps obscurs, la République a besoin de lui. De plus, Padmé ne souhaite pas ce qu’il sacrifie sa vie pour elle. Pourtant, le Jedi serait prêt à le faire pour elle sans la moindre hésitation. Il s’écoule régulièrement des semaines voir des mois sans qu’ils puissent se retrouver, mais même séparés, Anakin pense toujours à elle. Il lui a confié le droïde de protocole qu’il avait autrefois construit sur Tatooine pour aider sa mère, C3PO. En échange, Padmé lui a donné R2 D2, l’astromecano qu’elle possède depuis les évènements du blocus sue Naboo. Et comme toujours, Anakin s’y attache un peu trop.
Depuis qu’il est devenu Chevalier Jedi, sa relation avec Obi-Wan est également plus douce moins ponctuée de discussions houleuses. Ils entretiennent d’ailleurs une relation de frères et sont presque toujours envoyés ensemble en mission. Anakin est d’ailleurs très affecté lorsque pour la réussite d’une mission, Obi-Wan feint sa mort devant les yeux de son ancien apprenti. Il se sent blessé lorsqu’Obi-Wan lui avoue par la suite qu’il ne pouvait pas le tenir dans le secret.

Après presque trois ans de guerre, la République a perdu de nombreux Jedi et troupes. La guerre est un fléau et plus le temps passe, plus la démocratie en souffre et s’en retrouve affaiblit et corrompue. Mais les Séparatistes ont également essuyé de nombreuses pertes. La guerre vit-elle enfin ses dernières heures ? Nul ne peut l’affirmer car sans la capture du Général Grievous ou du comte Dooku, la guerre se poursuivra. Le Chancelier Palpatine, de son côté, semble s’approprier de plus en plus de pouvoirs ce qui commence à inquiéter le Conseil Jedi. Mais de son côté, Anakin ne s’en préoccupe guère, estimant au contraire que c’est une bonne chose car les pourparlers ne fonctionnent pas en temps de guerre. L’heure est à l’action. De plus, le jeune Jedi considère le Chancelier comme un ami, toujours présent ainsi que bienveillant à son égard et qui lui prodigue de bons conseils, ignorant qu’il s’agit en réalité du Sith que les Jedi recherchent depuis le début de la guerre. À aucun moment, il ne le soupçonne de le manipuler et de feindre. Et à cause de cette amitié qui représente énormément aux yeux d’Anakin, il n’arrive pas à croire l’un de ses hommes quand ce dernier affirme que tous les soldats clones possèdent une puce implantée dans leur tête qui les oblige à exécuter leurs généraux Jedi. Le soldat clone, Fives a été en plus drogué et il passe alors pour fou, même aux yeux de Rex. Il est finalement tué et avec lui disparaît la vérité ainsi que ses preuves. Le terrible complot de Palpatine, l’ordre 66 qui obligera les clones à tuer les Jedi, demeure finalement caché.

Un jour, Obi-Wan et lui son rappelés d'urgence de la Bordure Extérieure car le Chancelier a été enlevé par le Comte Dooku. Il s'agit bien évidemment d'un complot de Palpatine, mais à ce stade tout le monde l'ignore, Dooku y compris. Ce dernier se fait d'ailleurs tuer par Anakin qui peut ainsi prendre sa revanche. La guerre semble finalement toucher à sa fin. Mais le conseil Jedi lui assigne alors la mission d'espionner Palpatine, ce qui place Anakin dans une situation très inconfortable et se sent alors trahi. Puis lorsqu'Obi-Wan est envoyé sur Utapau pour arrêter le général Grievous, Palpatine en profite pour se révéler finalement à Anakin en tant que seigneur noir des Sith. Par loyauté, Anakin décide tout d'abord de le dénoncer à Windu. Mais ce lorsque ce dernier tente de tuer Palpatine, qui a promis à Anakin de l'aider à sauver Padmé de ses rêves prémonitoires, Anakin finit par basculer du côté obscur, désespéré à l'idée de perdre Padmé comme sa mère. L'Ordre 66 est alors déclenché et Anakin se laisse petit à petit consumer par le côté obscur, devenant avide de pouvoir.
Mais alors qu'il envisage déjà de prendre la place de Palpatine à la tête de son nouvel Empire suite au massacre des leaders séparatistes sur Mustafar, tout s'écroule subitement. Lorsqu'il se réveille, il réalise qu'il n'est plus dans sa galaxie et que tout n'est chaos autour de lui. Ce nouveau monde ne lui déplait pas pour autant, car il peut pleinement s'exprimer et laisser le côté obscur le submerger. En revanche, il ne parvient pas à se souvenir de sa vie d'autant, hormis l'Ordre 66 et Mustafar. Il en a même oublié son vrai nom et seul Darth Vader subsiste dans son esprit avec le souvenir d'une très belle femme aux cheveux bruns du nom de Padmé.